淮阴工学院数理学院是在原计算科学系基础上于2009年成立的，下设大学数学教学部、大学物理教学部、应用数学系，应用物理系。大学物理教学部的物理实验中心是江苏省基础课实验教学示范中心、淮安市科普教育基地。数学实验室拥有120台教学科研用计算机，物理实验中心仪器设备值600余万元。

淮阴工学院车辆与交通实验中心始建于1987年，正式成立于2000年，2005年以优异成绩通过学校第一批验收。2009年9月获批为江苏省实验教学示范中心建设点。2011年10月，中心获得中央财政支持地方高校发展专项资金项目资助，总经费356万元。